Currently, very few agronomically productive cultivars with adequate RN resistance are available therefore, attaining an improved understanding of parasitism gene interactions is critical to managing this pest. Methods for managing the RN include crop rotation and the use of nematicides, but only part of the profit lost to this nematode is recovered by farmers ( Robinson 2007, 2008). De plus, des kinases, des récepteurs couplés aux protéines G et des neuropeptides impliqués dans les processus physiologiques, le développement et la régulation ont été identifiés au sein du génome du NR. Sept gènes putatifs de détoxication et trois codant pour des enzymes de dégradation des glucides de la paroi (CAZymes) ont été étudiés en détail. Le chromosome 5 de Caenorhabditis elegans a fourni le plus grand nombre de contigs homologues chez le NR. Des analyses approfondies ont montré que 741 (1,1 %), 94 (0,1 %) et 169 (0,25 %) des contigs génomiques du NR étaient homologues à 1328 (13,9 %), 1480 (5,4 %) et 1330 (7,4 %) des super-contigs de Meloidogyne incognita, Brugia malayi et Pristionchus pacificus, respectivement. Les classes les plus représentées au sein du Gene Ontology (GO) en matière de fonction moléculaire et de processus biologique correspondaient respectivement à la classe de liaison aux protéines (32 %) et au développement embryonnaire (20 %). Les séquences les plus répétées étaient de faible complexité (88,9 %) et 0,9 % de ces contigs présentaient de l’homologie avec 53,2 % des EST au sein de GenBank. Au total, 25 904 contigs (38,5 %) ont été prédits comme étant codants, tandis que 41 413 (61,5 %) ont été prédits non-codants. Dans ce travail, plus de 380 Mb de données de séquence ont été générées à partir d’un échantillon composé de quatre femelles adultes du NR et ces séquences ont été assemblées pour former 67 317 contigs. Le nématode réniforme (NR), un important ravageur agricole particulièrement chez le cotonnier aux États-Unis, compte parmi les nématodes parasitaires importants pour lesquels peu d’informations génomiques sont disponibles. Additionally, kinases, G protein-coupled receptors, and neuropeptides functioning in physiological, developmental, and regulatory processes were identified in the RN genome. Seven putative detoxification genes and three carbohydrate-active enzymes (CAZymes) involved in cell wall degradation were studied in more detail. Chromosome 5 of Caenorhabditis elegans had the highest number of hits to the RN contigs. Further analysis showed that 741 (1.1%), 94 (0.1%), and 169 (0.25%) RN genomic contigs matched with 1328 (13.9%), 1480 (5.4%), and 1330 (7.4%) supercontigs of Meloidogyne incognita, Brugia malayi, and Pristionchus pacificus, respectively. The most frequent Gene Ontology (GO) terms for molecular function and biological process were protein binding (32%) and embryonic development (20%). Most of the characterized repeats were of low complexity (88.9%), and 0.9% of the contigs matched with 53.2% of GenBank ESTs. In this study, over 380 Mb of sequence data were generated from pooled DNA of four adult female RNs and assembled into 67 317 contigs, including 25 904 (38.5%) predicted coding contigs and 41 413 (61.5%) noncoding contigs. The reniform nematode (RN), a major agricultural pest particularly on cotton in the United States, is among the major plant-parasitic nematodes for which limited genomic information exists.
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